本局表示，依稅捐稽徵法第35條第1項及第38條第1項規定，納稅義務人對核定稅捐之處分如有不服者，應於法定期間內申請復查；如對稽徵機關之復查決定仍不服時，得依法提起訴願及行政訴訟。
本局指出，轄內甲公司於101年7月1日至103年6月30日專營銷售魚、蝦、蟹類等生鮮海產之免稅貨物，未申請放棄適用免稅規定，屬專營銷售免稅貨物之營業人，於銷售貨物時應開立免稅發票，復依加值型及非加值型營業稅法第19條第2項、第3項規定，其進項稅額不得申請退還或扣抵銷項稅額，惟甲公司仍申報進項稅額新臺幣(下同)2,453,252元扣抵各期營業稅銷項稅額，經本局查獲，除註銷103年6月之累積留抵稅額1,947元外，並核定補徵營業稅額2,451,305元。甲公司不服，其未於法定期間內依法申請復查，復查及訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經最高行政法院裁定駁回確定在案。
本局進一步解釋，對於稽徵機關核課處分不服而申請之復查程序，就行政處分之爭訟程序而言，為訴願法第1條第1項所稱「法律另有規定」之情形。納稅義務人不服核課處分，尚不得直接提起訴願，須經復查之先行程序，由稽徵機關先行自我審查核課處分之合法性及合目的性。是申請復查，為提起訴願及行政訴訟以前必先踐行之程序，如未經依法定程序申請復查而逕行提起訴願及行政訴訟，自為法所不許。故甲公司未於法定期間內申請復查，經訴願機關為不受理決定，提起行政訴訟亦遭駁回，並無不合。
本局特別提醒，稅捐稽徵法第35條第1項規定之復查程序，為提起訴願及行政訴訟以前必先踐行之法定程序，納稅義務人如對核定稅捐之處分不服，應於法定期間內先申請復查，以免行政救濟權益受損。
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