本局表示，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，納稅義務人取得大陸地區來源所得，應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅。但其在大陸地區已繳納之所得稅額，得自應納稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
本局說明，稽徵機關於結算申報期間提供納稅義務人查詢課稅年度所得資料之範圍，為扣繳義務人於法定期間內向稽徵機關申報之各類所得扣繳暨免扣繳憑單、股利憑單、緩課股票轉讓所得申報憑單、智慧財產權作價入股股票轉讓或屆期未轉讓申報憑單、獎酬員工股份基礎給付股票轉讓或屆期未轉讓申報憑單、信託財產各類所得憑單及信託財產緩課股票轉讓所得申報憑單。大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢之所得資料範圍，納稅義務人如有大陸地區來源所得，應自行併入當年度綜合所得總額申報。
本局呼籲，納稅義務人及其合併申報之配偶暨受扶養親屬，105年度如有大陸地區來源所得，應於106年5月1日起至6月1日止，併同臺灣地區來源所得辦理綜合所得稅結算申報，以免因漏報所得遭受處罰。
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