財政部高雄國稅局表示，常有藥局負責人詢問，藥局應報繳營業稅或執行業務所得？
該局說明，依據加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，藥師提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。亦即藥局依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費，係屬藥局專營藥品調劑、供應業務之收入，屬於主持藥師、藥劑生之執行業務所得，應課徵綜合所得稅，尚無課徵營業稅及開立統一發票問題。
該局進一步說明，藥局除經營藥品調劑、供應業務外，如有兼營藥品或其他貨物銷售之收入者，依據營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務者，依法應辦理營業登記，並課徵營業稅。且兼營藥品或其他貨物之收入如平均每月銷售額達20萬元，則需使用統一發票報繳營業稅。
國稅局特別提醒，有關藥局專營或兼營藥品調劑、供應業務，依規定免徵營業稅者，應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則，仍應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。
