一、未依規定合併申報：
(一)子女未滿20歲而有所得，除非已婚，否則還是要跟父母合併申報。
(二)夫妻應合併申報，但符合下列情形之納稅義務人與其配偶，可分開申報：
1.夫或妻於106年度或以前年度已依民法第1010條第2項規定，向法院聲請宣告改用分別財產制者，可檢附法院裁定書影本，各自辦理結算申報及計算稅額。
2.夫或妻於106年度或以前年度已依民法第1089條之1規定，向法院聲請未成年子女監護權者，可檢附法院裁定書影本，各自辦理結算申報及計算稅額。
3.夫或妻已依家庭暴力防治法規定取得通常保護令，或於取得通常保護令前，已取得暫時或緊急保護令者，於保護令有效期間所屬年度，可檢附保護令影本，各自辦理結算申報及計算稅額。
另外，夫妻若因分居而無法合併申報，必須在申報書上載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明分居。
二、免稅額申報有誤：每人免稅額為8.8萬元，年滿70歲的納稅義務人本人、配偶及受扶養「直系尊親屬」（父母、祖父母等）免稅額為13.2萬元；但若申報扶養年滿70歲的兄弟姊妹或同居一家有實際扶養事實的其他親屬（叔、伯、舅等），免稅額仍為8.8萬元。
三、扶養親屬申報有誤：申報扶養20歲以上未在學、服役、待業或在補習班補習的子女或兄弟姊妹；或兄弟姊妹重複申報扶養父母；或申報未同居一家無實際扶養事實的其他親屬。
四、漏報所得：僅申報以憑證(自然人憑證、金融憑證或已申辦健保卡網路服務註冊之健保卡)經網路查詢或向稽徵機關臨櫃查詢的所得資料，而未申報非屬查詢範圍的所得資料（如出售房屋的財產交易所得、私人間出租房屋的租賃所得、佃農補償費或獨資、合夥組織資本主、合夥人經營事業的營利所得或大陸所得等無需開立憑單的所得）；或是未合併申報受扶養親屬的所得。
例如甲君105年度有設籍我國之公司開立薪資所得扣繳憑單200萬元及大陸地區來源薪資所得80萬元，因大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢的所得資料範圍，致漏報該筆所得而受處罰。
五、保險費申報有誤：人身保險費每人每年最多可以申報2.4萬元(以被保險人為計算依據，但全民健保費可全數申報)，但只有納稅義務人本人、配偶及受扶養「直系親屬」的保險費才能申報，兄弟姊妹或其他親屬的保險費不能申報扣除，且被保險人與要保人須在同一申報戶。
六、教育學費申報有誤：就讀大專以上的受扶養「子女」，教育學費才可以申報扣除；納稅義務人本人、配偶、兄弟姊妹及其他親屬的教育學費，都不能申報扣除。
七、醫藥費申報有誤：美容整型、看護費用等，因不屬於醫療範圍，不能申報扣除；醫藥費有保險給付部分應該先予減除，不足的部分才能申報扣除。
八、捐贈申報有誤：低價買進不實捐贈收據、列報未設立登記團體的捐贈等，若經查獲虛列捐贈扣除額將會被補稅並處罰；又點光明燈、安太歲或支付塔位的款項，因屬有對價關係，也不能申報捐贈扣除；另對公益慈善團體的捐贈，申報金額不能超過全年綜合所得總額20％。
九、房屋貸款利息申報有誤：自用住宅購屋借款利息，每戶每年最多可申報扣除30萬元，但須先減除儲蓄投資特別扣除額，且不能同時申報房貸利息及房屋租金支出，惟同一課稅年度有房貸利息與租金支出，在期間不重複之前提下，可按月份分別計算限額列報扣除。
舉例如下：
-
期間
項目
支出金額
限額
可扣除金額
1-3月
租金支出
4.5萬元
3萬元(每年扣除上限12萬元×3/12個月=3萬元)
3萬元
4-12月
房貸利息
9萬元
22.5萬元(每年扣除上限30萬元×9/12個月=22.5萬元)
9萬元
合計
12萬元
十一、合併申報錯誤：辦理申報當年度（107年）才結婚，於所得年度（106年）並無婚姻關係，不可合併申報，以免受罰；另如於106年結婚宴客，107年才辦理結婚登記，因現行民法規定，結婚採登記制，106年度婚姻關係尚未生效，夫妻亦須分開辦理結算申報。
該局說明，綜合所得稅一般扣除額分為標準扣除額及列舉扣除額，納稅義務人可選擇金額較大者申報較為有利；惟經選定採標準扣除額(含稅額試算確認)、未辦理結算申報，或申報時未採用列舉扣除額亦未填明適用標準扣除額，經稽徵機關採標準扣除額核定後，不得要求變更適用列舉扣除額。
民眾報稅後若發現錯誤，可以重新填寫一份正確申報書，辦理更正結算申報；採用網路申報者，只要將正確資料在申報期限內重新上傳申報即可。但若已逾申報期限，不論採何種申報方式，均須向戶籍所在地稽徵機關辦理書面更正申報。
該局特別提醒，107年1月18日修正所得稅法部分條文自107年度施行，4項扣除額得適用調高後額度﹝標準扣除額由9萬元調高為12萬元(有配偶者加倍扣除)、薪資所得特別扣除額及身心障礙特別扣除額分別由12.8萬元調高為20萬元、幼兒特別扣除額由2.5萬元調高為12萬元﹞，及最高稅率由45%調降為40%，另股利所得不再適用可扣抵稅額，改按二擇一新制課稅，納稅義務人於108年5月申報107年度綜合所得稅始得適用，請民眾特別注意。
