本局表示，營利事業以有價證券或期貨買賣為業者，其免納所得稅停徵之證券或期貨交易所得及不計入所得課稅之股利淨額或盈餘淨額，應依財政部訂頒之「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」(以下簡稱免稅所得分攤辦法)規定分攤相關成本、費用或損失。
本局舉例說明，納稅義務人甲公司與乙公司簽訂之委任經營管理合約條款所約定，甲公司係委託乙公司提供投資及經營管理服務，負責甲公司「投資項目」之開發、評估、執行、管理及處分等事宜，且按甲公司委託乙公司投資及經營管理之範圍及相關報酬之計算方式，涵蓋甲公司國內、外有價證券及國內債券型受益憑證等「全部投資資產」，所支付乙公司之管理費8仟餘萬元，自屬停徵所得稅之國內證券交易收入、免稅投資收益及應稅之國外投資收益所共同發生；其餘營業費用1佰餘萬元，則甲公司未提示相關資料，無從個別歸屬認列。茲甲公司既以買賣有價證券為業，其99年度營利事業所得稅結算申報，所列報全部營業收入淨額8億餘元，則其停止課徵所得稅之證券交易所得及不計入所得額課稅之股利淨額，自應依免稅分攤辦法第3條第1款第2目計算該部分收入，分攤甲公司無法明確歸屬之營業費用，是其主張毋需依免稅分攤辦法進行無法直接合理明確歸屬營業費用分攤云云，嗣經臺北高等行政法院駁回在案。
本局呼籲，營利事業如係以有價證券或期貨買賣為業者，申報所得稅時應注意免稅所得相關成本或損費分攤規定，以維申報之正確性。
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